這是美國南北戰爭以前的事了。在圣彼得堡小鎮上，有個孩子，名叫湯姆·索亞。湯姆·索亞正在上小學。學校里課程枯燥，還硬讓背出《圣經》里的段落，小鎮上的生活又庸俗又呆板。對這些，湯姆厭煩透了。他真想來點兒新花樣，冒冒險。湯姆有個好朋友，叫哈克。哈克不上學，因為他爸爸是流浪漢、醉鬼，不照管他，他從小就過著流浪兒的生活。
　　湯姆從小就跟波青姨媽和席德表弟在一起生活。
　　暑假中的一天夜里，湯姆趁波蕾姨媽和席德表弟熟睡著。偷偷爬出窗戶，跟約好的哈克碰頭，跑到墳場上去。這是個舊墳場。墳墓高高低低，長滿雜樹雜草，靜悄悄，陰森森。微風吹來，令人毛骨悚然。這樣的恐怖氣氛，使兩個孩子又興奮又害怕。湯姆已經想回家了，忽然發現一盞老式燈籠發出微光，三個人影晃晃悠悠。哎喲，碰上鬼了？！哈克眼尖，壓低嗓門說：別慌。是人，至少有一個是人——老單身漢波特。哦，另外兩個也是人——流氓喬埃和醫生魯賓遜。兩個孩子躲在樹后瞧著，不吭聲，不眨眼。
　　來的正是這三個。魯賓遜坐下，波特和喬埃用鏟子挖掘，拋出泥上、石子，哦，是盜墓！過了好久，傳來鏟子碰著木頭的聲音。又過了一會兒，兩個人抬起一口棺材，放到平地上。棺蓋被撬開，尸體搬上小車，蓋上毯子，用繩子捆住。單身漢波特取出一把大折刀，割掉多余的一節繩子。接著，三個人輕聲講著什么，爭吵不休，直至廝打起來。流氓喬埃一拳打去，醫生頭一偏，讓過，揮拳反把喬埃擊倒在地。波特扔掉大折刀，扭住醫生，雙方你一拳我一腳，互不相讓。喬塊站起來，拾起波特扔下的大折刀，彎著腰，圍著兩個扭成一團的人轉來轉去，想找機會下手。突然，醫生摔開對方，抓起墳頭上的一塊木牌狠砸，把波特擊昏在地。說時遲那時快，喬埃冷不防一刀插進醫生的胸脯，再一使勁，插得只露出刀把，醫生晃了兩下，往后便倒。
二半身子壓在波特身上，鮮血流出，弄得波特滿身都是。兩個孩子目睹這種場面，都嚇癱了，只能繼續看著。
　　那邊，喬埃拔出行兇的大折刀，放到波特的右手里，自己坐在撬開的棺材上，滿不在乎地等著。幾分鐘過去，波特漸漸蘇醒，動彈起來，哼叫起來。
他感覺出自己的右手握著刀，不由舉起，瞟了一眼。頓時，他嚇得渾身一抖，手一松，刀落地。他推開尸體，坐起身子，驚恐地問：喬埃，這……是怎么回事？喬埃說：真糟糕，你怎么下得了手的？波特說：我？我沒殺魯賓遜哪！喬埃說：這樣說一句，誰信？你呀，酒后失手殺了人……波特說：我酒后……唉，一點也想不起來了。喬埃一本正經地說：魯賓遜用木板把你擊倒，你搖搖晃晃站起來，把大折刀插進他的胸膛。他狂喊一聲揍你。你倒在地上，人事不省，一直躺到這會兒。波特聽了，耷拉著腦袋說：千怪萬怪，怪我喝多了，氣頭上殺……喬埃，你可別講出去，我求你了。可憐的單身漢沖著兇手下了跪。喬埃回答道：嗨，好朋友嘛，我保證守口如瓶！波特感激地說：哦，夠朋友，我一輩子感激你！喬埃說：咱倆是誰跟誰，別講這種話。走吧。你在那邊，我往這邊，小心別留下腳印。波特心亂如麻，轉身走去，越走越快。喬埃望著他的背影自言自語：窩囊廢！不但信了我的話，而且沒想到把大折刀帶走。物證！于是，他朝另一邊走去。
　　這一切，湯姆和哈克看得清清楚楚。半晌，他們才敢動彈，才敢往鎮上跑。跑了一陣，氣喘吁吁，在一幢空屋前站住，邊休息邊商量。哈克說：我看波特會被處絞刑。湯姆說：喬埃耍了花招。咱們是親眼目睹，馬上出頭告發吧！哈克說：你瘋了？萬一喬埃不是處絞刑，或者干脆逃走了，那他準會我咱們算帳的！湯姆想了想說：這倒也是。那怎么辦呢？哈克說：一塊兒發誓，絕對保守秘密。湯姆說：行。于是，按照傳統的規矩，湯姆找來一塊松木，從口袋里掏出紅赭石，借著月光，在松木上劃出這樣幾個字：湯姆和哈克發誓保守秘密。如有泄露，情愿當場倒地而死，尸體腐爛發臭。他們把松木埋進墻根的土里，這才稍稍放心。
　　第二天，可怕的消息傳遍全鎮。有人發現了大折刀，還有一個居民說，深夜兩三點鐘，看見波特在小河里洗澡。執法官下令逮捕波特，將他關進了地牢。那只不過是鎮邊一個磚砌的地下室，也沒人看守，因為這兒難得關人。兩個孩子很同情波特。他愛喝酒，可心眼兒并不壞，挺喜歡孩子。他釣到魚，有時候會送給孤苦的哈克，還幫湯姆修補過風箏。這么個人要當替死鬼，太可憐了。湯姆和哈克不敢說出真相，但又覺得良心上很不安，簡直要生病了。
　　后來他們想出一個辦法。這天，他們帶著一些咸肉呀、玉米面哪什么的，乘上一只沒主的木筏，順流劃了三里左右，爬上人跡罕至的杰克遜島，過起了隱居生活。可才幾天，東西快吃完，湯姆想家了，哈克也覺得這樣不是長久之計，所以又爬上經過附近的輪船，悄俏返回鎮上。他們不敢回家，鉆進了教堂的樓座。嗨，在這兒意外地看到了奇特的場面。
　　鎮上的許多男女老少都坐在這兒。湯姆的姨媽和表弟身穿黑衣，低著頭進來。頓時全場起立，肅靜無聲。啊，原來人們以為失蹤的孩子已經死去，在沉痛悼念呢。牧師做禱告，把兩個淘氣包講得比天使還可愛，列舉出他們的種種優點、美德。人們開始低聲嘆息，掉淚，最后是全場一片痛哭聲。兩個孩子樂不可支，得意非凡，神氣地露面了。大家楞了好一陣，然后全擁過去，不住地摟抱、親吻。
　　這天湯姆回到家里，波蕾姨媽對他又是吻不夠，又是罵不夠，把他給攪糊涂了。
　　三天后，法庭要審理殺人案件。這成了小鎮居民的熱門話題。湯姆去找哈克商量，說很想講出真情，搭救無罪的人。哈克說：可喬埃是好惹的嗎？咱們揭發了他，只怕自己兩天也活不成！湯姆說：那就別作聲吧。哈克說：對了。再一次發誓，決不往外講。　　雖然如此，湯姆和哈克心里都覺得對不起波特。他們去給波特送吃的。
老單身漢非常感激，說：你們待我真好。唉，我喝醉了酒，昏頭昏腦，動手殺人。你們可千萬別喝醉呵……兩個孩子聽了這話，越發感到不好受，第二天，湯姆不知不覺，走到法院外面；轉來轉去，想進去，又膽怯。他忽然發現哈克也在附近打轉。兩人互相瞥一眼，各自扭頭走開。唉，他們陷入了同樣的痛昔和矛盾當中。
　　正式開庭了，本鎮的居民紛紛來到。陪審團就座。波特被押了進來。喬埃無恥地當庭作證。另外兩名證人也相繼證明，波特下半夜在河里洗過澡，那把大折刀確實是波特經常帶在身邊的。被告的律師對他們不提任何問題，直到關鍵時刻，才站起來說：法官，請讓證人湯姆到庭！所有的人都異常驚訝。湯姆走到證人席那兒，宣了誓，接受訊問。法官問：湯姆，6月17日半夜，你在哪兒？湯姆說：在墳場上。法官問：有誰和你一道嗎？湯姆說：有的，是……律師忙說：等一等。暫時別說出同伴的名字。以后我們會把他也傳來的。你先詳細講講看到的一切。　　湯姆打消了所有的顧慮，講得繪影繪聲：……就這樣，波特暈倒在地上，喬埃乘機一刀刺進魯賓遜的胸膛……　　孩子正說到這兒，喬埃猛地閃電一般沖過去，跳出窗戶，逃得沒了影兒。
執法官只得宣布暫停審理，立即派人四出搜捕兇犯喬埃，甚至懸賞捉拿。但是許多日子過去了，毫無結果。
　　在這些日子里，湯姆成了金光閃閃的英雄。大人夸贊，青少年羨慕。自然，得救的波特把他當成救命恩人了。不過湯姆出風頭是在白天，一到天黑可受罪了。他睡不安穩，老是夢見喬埃要殺他。哈克也是在擔驚受怕中過日子。雖然律師答應為他保密，可那管什么用？湯姆明明和他一塊兒發過誓，還不是出頭揭發了嗎？　　這天，兩個孩子決定把心思移開，一塊兒去尋找財寶。據說在野地里、枯樹下、破屋中，都可能有強盜埋著的金銀珠寶，誰運氣好就會發現。湯姆和哈克弄來十字鎬和大鐵鍬，接連幾天，專找僻靜所在挖挖掘掘。可除了土塊就是石頭，一無所獲。湯姆忽然想起，山谷里有座破敗不堪的樓房，聽說鬧鬼，因此沒人敢進去。強盜最愿意找這種處所藏匿財寶。對，就上那兒。
　　第二天，兩人帶著工具，來到破樓房前，打著哆嗦往里窺探，只見地板朽爛，泥地上野草叢生，窗戶只剩框架；屋內空空，只有老式的壁爐；樓梯也殘破了。到處掛著蛛網。他們壯壯膽進去，察看一番，又把十字鎬和鐵鍬往墻角了扔，踩著咯吱咯吱響的樓梯上了樓。樓上一間是空空蕩蕩的屋子。
他們正想下去，忽聽傳來腳步聲，兩人不由嚇得伏倒在樓板上，不敢稍動一下。他倆透過樓板上的窟窿，看到有兩個人走進屋來。一個不認識，另一個是撿破爛老頭，最近到鎮上來過幾次的。這老頭又聾又啞，長頭發、絡腮胡子，還戴副綠色眼鏡。老頭對同伙說：歇會兒吧，這兒沒人來的。啞巴開口啦，聽嗓音，明明是化了裝的殺人兇犯喬埃呀！這時，喬埃和同伙坐在亂草叢中繼續交談著。喬埃說：伙計，等我干完那件事，咱們就跑得遠遠的。他的同伙勸道：其實，你不如立刻遠走高飛。喬俟鼻子一哼，說：此仇不報，我死不瞑目！他的同伙說：好吧，我等著你。哦，咱們看看金幣，可別出什么意外。喬埃說：行哪。兩人便站起來，走到壁爐旁邊，搬開些磚頭，伸手進去取出大口袋，往地上嘩啦一倒。嘿，全是金幣，有好幾百塊呢。兩個孩子暗暗高興。這能使鎮上一大半孩子頃刻間變成小富翁！！喬埃的腰刀碰在草叢中的什么東西上。啊，一口箱子！鎖得挺牢的。
他的同伙說：喬埃，墻角那邊有十字鎬和鐵鍬，咱們正好拿來用用。喬埃接過鐵鍬，打量著咕噥了一句，就急著和同伙一道對付那箱子。他們又砸又撬，終于將箱子弄開了。樓上樓下四個人都驚異得目瞪口呆。啊，一箱子金幣！至少有好幾千塊。準是哪個綠林好漢藏在這兒的。喬埃轉著眼珠說：鐵鍬上沾著濕土，還有十字鎬，怎么會出現的？莫不是剛有人來過，現在還藏在樓上吧？說著，他走過去，一步步走上樓來。咯吱咯吱……兩個孩子只覺得渾身癱坎，快斷氣了。咔嚓！撲通！朽爛的梯級斷裂，喬埃直摔下去。同伙說：干嗎疑神疑鬼？誰會藏在樓上？縱然有人來過，見咱們走近，也早就溜啦！喬埃說：那也得小心為妙。這樣吧，金幣立即轉移到2號十字底下！等我報了仇，咱們就上別處去當大財主！兩個家伙說罷，帶上所有的金幣走了。樓上，兩個孩子松了口氣，同時又因眼看金幣到不了手而懊喪。湯姆陡然打個冷戰，驚叫起來：不好！喬埃口口聲聲要報仇，準是沖著我來的！哈克說：八成兒還有我！他也嚇白了臉。
　　從破樓房出來，兩個孩子晃晃悠悠。各自回家了。湯姆有個實實在在的家，而哈克那酒鬼爸爸不知流浪到哪兒去了，他回去也是獨自一人。他們既心驚肉跳，又怕跟喬埃狹路相逢，丟了小命，卻又躍躍欲試，想找到神秘的2號十字底下，獲得滿箱金幣。
　　這時候，湯姆遇上了高興事情。同班女主貝奇是新任法官一的女兒。貝奇征得爸爸媽媽的同意，邀請全班同學和小鎮上的一些少男少女進山野餐，玩它一天。湯姆還帶了風箏，想到山上去放呢。
　　上午，幾十個兒童和少年乘上舊渡輪出發，順著密西西比河駛出三里遠才上岸，在樹林里唱啊跳哇，做各種游戲。接著，大家胃口大開，吃光了帶來的美味食品。下午，大家嘻嘻哈哈地推開笨重的橡木大門，到山洞里去玩。
這是個大溶洞，里面到處是千姿百態的鐘乳石。洞中有洞，洞旁有洞，洞下有洞，洞洞相通。據說最底下直通地獄。當然誰也不想下地獄。這一帶的人都只熟悉大溶洞的一小部分，進到洞里，誰也不敢越過熟悉的范圍，以免迷了路，摸不出來。此刻，孩子們點亮蠟燭，三三兩兩，追來追去，你叫我喊，打趣逗樂。過了個把小時，大家陸陸續續返回洞口，奔到河邊，搶著上渡輪。
他們都累極了，有的竟倒在甲板上就睡著了。渡輪駛回小鎮，靠了岸，大家才發覺不見了東道主貝奇和淘氣包湯姆。貝奇的媽媽薩契爾夫人急得差點幾暈過去，湯姆的姨媽波蕾太太急得快要發瘋了。多少人進入大溶洞尋找，火光閃閃爍爍，喊聲此起彼伏。鬧騰了三天三夜，也沒找到，唉，看來沒希望了。
　　那么湯姆和貝奇哪兒去了呢？這兩個同學說笑取樂，互相追逐，不知不覺離開了伙伴們。兩人心里發慌，在迷宮似的大溶洞里越走越遠。迎面撲來一群蝙蝠，險些使他們兩個也分開。他們相互鼓勵，不斷地走。貝奇說：怎么都是陌生地方？恐怕出不去了，要死在這兒了。湯姆安慰她：別擔心。
我會想辦法的。不錯，蠟燭得節省些用，要不然……貝奇點點頭，吹滅了自己手里的一根。湯姆口袋里還有三根蠟燭，卻這樣提出，是因為也預感到情況不妙。他把一根蠟燭用粘土粘在石壁上，和貝奇一起，就著泉水吃些帶著的糕餅。貝奇又疲乏又焦慮，蒙蒙朧朧睡著了。湯姆也昏昏入睡。兩人醒來，也不知道是什么時候。湯姆讓淚汪汪的貝奇別離開泉水邊，自己去找出口。不過這回是先摸出一卷放風箏的繩子，拴在突出的巖石上，然后邊放繩子邊住前走。他已經不抱多大希望了。咦，前面巖石背后伸出一只拿著蠟燭的手。湯姆歡叫起來。不料借著對方的燭光，他看清了從巖石后面爬出的竟是喬埃！這把他嚇得魂不附體。怪了，喬埃連看也沒看一眼，拔腿就逃，剎時沒了蹤影。湯姆想了想，明白了。他的歡叫激起回聲，完全變了樣兒，這才嚇跑了喬埃。湯姆躡頭躡腳摸過去，發現巖石上刻著：2號，還有個大大的十字。哦，湯姆恍然大悟。可惜他手里的繩子只剩短短一截了。他惦記著貝奇，只好趕緊回去，找到了貝奇。湯姆又累又餓，他和貝奇分著吃掉最后一塊蛋糕，又睡著了。當他們再次醒來時，湯姆不愿意坐著等死，懷著最后一線希望，換了方向摸索過去。啊，一個發光點！沒錯，是照射進來的日光，這下他找到出口啦！貝奇聽到他的歡呼聲，也精神大振。兩人攙扶著來到出口處：原來外面就是大河。
　　后來，一艘駛過的輪船救了他倆。人們給吃給喝，送他們返回小鎮。親人相見，好不歡喜。
　　湯姆回家睡了三天三夜才恢復過來。貝奇的爸爸告訴他：　　為了防止再發生這類事件，三天前就用鍋爐鐵板把洞口的大門釘死了。湯姆一聽，忙說：啊呀，里面還有人……接著，他把在洞里發現喬埃的事，告訴了法官。法官聽了，立即組織人進洞尋找，當人們來到洞口時，只見洞門大開，殺人犯喬埃已經死在洞門里面。他是餓死、渴死的！大家決定，再次封住洞門。
　　幾天后，湯姆拉著哈克，帶著把鋼鋸，借了條小艇，駛到那個秘密洞口。
他們鋸開門上的鐵板，悄悄走進洞里，找到刻著2號和十字的巖石，發現了大量金幣，便分幾次搬上小艇，得意洋洋地回到鎮上。他們總共得到1.2萬塊金幣，每人6000塊。薩契爾法官負責代管湯姆的錢。前任法官的遺孀——道格拉斯寡婦收養了哈克。他們都成了富翁。